本署的綜合工程部為本港學校及教育局提供多項工程管理項目及顧問服務，共同努力為年輕一代建立美好的將來。
除了為學校及其他教育機構提供機電、空氣調節及屋宇裝備系統的服務外，我們與教育局攜手合作，完成了「資訊科技教育」及「多媒體學習中心」兩個工程項目。而在提供優質教學及學習環境方面，我們也完成了替學校進行減低噪音的工程。
此外，在 2009 年施政報告發表後，環境及生態局聯同教育局邀請全港學校簽署「環保午膳」約章，鼓勵停用即棄餐盒和盡量採用中央派飯模式。環境及自然保育基金提供資助，協助學校加裝所需設施，而環境及自然保育基金委託機電工程營運基金向學校提供專業支援，為環保午膳計劃提供「一站式項目管理服務」及「顧問服務」。現時大多數學校選擇我們提供的「一站式項目管理服務」。
中央派飯設施包括各種用於翻熱食物、蒸飯、烹煮蔬菜及清洗用具的基本膳食設備。除加裝膳食設備外，有關工作還包括翻新工程、安裝電力及通風設備、裝設水管及排水設施等。自環保午膳計劃於 2009 年開始至 2023 年，己有 132 間學校完成中央派飯設備安裝。